Storsatsning kartlägger kroppens celler

Hundratals forskare världen över är engagerade i arbetet med att kartlägga och karakterisera människans alla celler. Jätteprojektet Human cell atlas finansieras av bland andra amerikanska hälsomyndigheten NIH och brittiska forskningsfinansiären Wellcome Trust, samt sedan i fjol också av Chan Zuckerberg-initiativet.

– Syftet är att kartlägga alla celltyper i människan. Vi känner till några hundra idag, men det finns varianter som inte är klassificerade, samt kanske även celltyper som inte är upptäckta än, berättar Emma Lundberg som är forskare vid KTH och Science for Life Laboratory och leder ett av de två svenska projekt inom cellkartläggningen som nu får stöd av Chan Zuckerberg-initiativet.

Bakom initiativet står Facebooks grundare Mark Zuckerberg och hans hustru Priscilla Chan som är barnläkare. De satsar totalt 25 miljarder kronor på forskning de kommande tio åren. Målet är att inom 100 år kunna bota alla sjukdomar.

Två av 38 projekt i Sverige

Inom ramen för den här satsningen får 38 pilotprojekt stöd för att utvärdera och utveckla teknik som behövs för arbetet med atlasen. De två svenska projekten finns vid Science for Life Laboratory i Solna.

Emma Lundberg och hennes kolleger ska bland annat använda så kallad enkelcellsanalys för att studera vilka gener som är aktiva i individuella celler. De ska sedan titta närmare på om det finns en variation i de celltyper vi redan känner till som indikerar att det finns hittills okända undertyper. I detta första steg undersöker de celler i bukspottskörtel och hjärna.

– Det är ett ettårigt pilotprojekt som ger indikationer på vad vi ska studera framöver, säger Emma Lundberg som sedan oktober är i San Francisco som gästforskare vid universitetet i Stanford och det tvärvetenskapliga forskningscentret CZ Biohub, också det finansierat inom Chan Zuckerberg-initiativet.

Enstaka celler

Det andra svenska projektet som får stöd leds av professor Sten Linnarsson vid Karolinska institutet och Science for Life Laboratory. Det är inriktat på att utvärdera om exempelvis enkelcellsanalys som utvecklats i försök på möss, också fungerar på mänskliga hjärt-, lung- och hjärnceller.

Forskare från Science Life Laboratory är involverade i ytterligare ett av de 38 projekten, som leds från Allen Institute i Seattle. De svenska forskarna hjälper till att utvärdera tekniker för att konstruera exakta kartor av alla celler i en vävnad.

Den storskaliga kartläggningen kan på sikt öka kunskaperna om hur sjukdomar uppkommer.

– Vi vet inte så mycket mer om våra celler än vi gjorde för 100 år sedan. Vi känner till celltyper baserat på var de sitter och hur de ser ut. Om man definierar dem utifrån deras molekylära sammansättning ser man undertyper och förstår hur de är uppbyggda och vad de gör, säger Mats Nilsson vid Stockholms universitet och Science for Life Laboratory som är en av forskarna som deltar i arbetet.

Det sättet att analysera och kartera ger en ny inblick.

– Det är lättare att veta vad som kan vara orsaken till sjukdomar, som ofta beror på att saker går fel med celler, om vi vet hur friska celler ser ut.

Privat finansiering

Det har traditionellt varit svårt att få pengar till den här sortens kartläggande forskning utan tydliga hypoteser. Emma Lundberg tror att Chan-Zuckerbergs investering möjligen kan få andra anslagsgivare att göra liknande satsningar.

– Paret Chan-Zuckerberg är inflytelserika och kanske kan inspirera andra. Deras satsning väcker uppmärksamhet och kan skapa ett generellt medvetande och intresse för denna typ av forskning i samhället.

Även den stora svenska proteinkartläggningen finansieras sedan starten 2003 med privata medel, av Knut och Alice Wallenbergs stiftelse.

Data som genererades i den kartläggningen är öppna och tillgängliga för alla. Så ska även bli fallet med data från den internationella cellatlasen.

– På så sätt kan projekten påverka och förändra. Data från proteinkartläggningen finns i en databas som har ca 200 000 besökare i månaden och vi ser cirka fem publiceringar om dagen som använder information härifrån, säger Emma Lundberg.

Läs mer:

Chan Zuckerberg-initiativet Länk till annan webbplats, öppnas i nytt fönster.

Forskningscentret CZ Biohub Länk till annan webbplats, öppnas i nytt fönster.

Läs också i Curie: Dataspelare hjälper forskare göra cellatlas