Cellatlasen innehåller 300 000 högupplösta mikroskopbilder som visar var i cellerna proteinerna finns. För att hitta dem har forskarna tagit hjälp av dataspelare.
NYHET
Dataspelare hjälper forskare göra cellatlas
Spel är en växande trend inom det som kallas medborgarforskning. Svenska forskare har tagit hjälp av dataspelare för att göra en cellatlas. I december presenterar de kartan som visar var i cellerna proteinerna finns.
För två år sedan presenterade forskare vid Science for Life Lab en atlas som visar var i människokroppen våra olika proteiner finns. I december i år lanserar de fortsättningen: en cellatlas. I den kan vi se var i cellerna proteinerna finns. Båda är databaser som kan användas av forskare världen över, till exempel för att öka kunskaperna om hur sjukdomar uppkommer.
Cellatlasen innehåller 300 000 högupplösta mikroskopbilder av cellernas inre. Proteinet är färgat i grönt och syns på någon av cellernas små organeller. För att hitta dessa har forskarna tagit hjälp av dataspelare.
– Mänskliga hjärnor används som processorer. Ett alternativ är att använda datorer och artificiell intelligens. Det är ett utvecklingsarbete som vi driver parallellt och det ska bli spännande att i slutändan jämföra hur bra dataspelare är jämfört med AI, säger Emma Lundberg som är forskare vid Science for Life Laboratory i Solna och projektledare för arbetet med den nya atlasen.
Bygger in en forskningsfråga
Detta är inte första gången dataspelare hjälper till med forskning. De senaste åren har det konstruerats en rad spel som går ut på att svara på en vetenskaplig fråga. Forskarna vid Science for Life Lab har dock gjort det på ett helt nytt sätt. De har byggt in sin fråga i ett science fiction-spel som redan har hundratusentals spelare, Eve Online.
– Det är första gången en vetenskaplig frågeställning har integrerats i ett dataspel, säger Emma Lundberg.
Bakom upplägget finns det schweiziska företaget MMOS, som hade en idé om att använda tiden människor ägnar åt dataspel. När de letade efter en lämplig forskningsfråga att lägga in i ett spel fick de tips om cellatlasen, och kontaktade de svenska forskarna. Det schweiziska företaget har gjort en plattform som kopplar ihop spelen med forskarnas bilder av celler.
– Jag nappade genast på idén och tyckte att klassificering av våra cellbilder skulle göra sig perfekt i ett dataspel.
Spelarna finns redan
Eve Online är ett taktik- och strategispel där man tar sig fram i ett virtuellt universum. Under spelets gång kan man när som helst ägna sig åt det inbyggda minispelet Project Discovery och leta efter de gröna proteinerna i cellbilderna. Först måste man dock visa att man lärt sig att känna igen cellens olika delar. Löser man en uppgift rätt får man betalt i en spelvaluta som kan användas i spelet.
För att se hur pålitliga spelarnas svar är har forskarna lagt in ett antal kontrollbilder. De använder sedan bara resultaten från dem som lyckas bäst.
Project Discovery släpptes under våren. Redan under de första sex veckorna bidrog 50 000 spelare. Idag kan forskarna räkna in 5 000 spelare per dag.
– Det visar vilken enorm resurs det är. Nu återstår att se om data är lika bra som om vi hade gjort det på annat sätt. Vi håller på och analysera all data för tredje gången och det är först efter det som vi med säkerhet kan säga hur säkra svaren är. Detaljerna redovisar vi i en vetenskaplig publikation som vi arbetar på.
Mest livsvetenskap
De första exemplen på användningen av dataspel inom medborgarforskningen dök upp för snart tio år sedan.
– Det finns ett stort och ökande intresse för metoden, säger Marisa Ponti, forskare vid institutionen för tillämpad informationsteknologi vid Chalmers och Göteborgs universitet, som studerar spel inom medborgarforskning.
Hon och hennes kolleger har hittat drygt 70 exempel i den vetenskapliga litteraturen. De flesta finns inom livs- eller naturvetenskapen. I det senare fallet kan det handla om att rapportera in observationer av exempelvis fåglar eller växter. Men metoden skulle kunna användas även inom humaniora, exempelvis för att transkribera handskrivna texter.
Metoden är dock inte helt okontroversiell. Det finns en diskussion om hur spelandet påverkar vetenskapliga data. Om man tävlar kan resultaten bli slarvigt framtagna.
– Det finns möjligheter men också risker, men de går att hantera. Man ska inte slänga ut barnet med badvattnet. Spel är en intressant möjlighet att involvera medborgare i vetenskapliga frågor, säger Marisa Ponti.
Dataspel med forskningsfrågor:
FoldIt – hjälp till att förutspå hur proteiner veckar sig (engelska)
Länk till annan webbplats.
Läs också i Curie:
Cellatlasen
I december 2016 släpps the Human Cell Atlas som ger information om var proteinerna finns i cellerna. I cellatlasens 300 000 bilder av cellernas inre kan man urskilja 27 av cellens små organeller, som exempelvis mitokondrier, cellmembran, cellkärna, cytoplasma, rörformiga cytoskelett eller vätskeblåsor. Proteinet syns på någon av dessa i grönt. Det är detta som dataspelare har hjälp till att hitta.
Proteinatlasen
Cellatlasen är en fortsättning på The Human Protein Atlas som lanserades i november 2014. Det är en databas med information och bilder som visar i vilka vävnader i kroppen människans proteiner finns. Grunden för databasen är kartläggningen av människans proteiner som har drivits i samarbete mellan KTH och Uppsala universitet. Huvudfinansiär är Wallenbergstiftelsen. Proteinatlasen innehåller 13 miljoner bilder på vävnader och celler.
Du kanske också vill läsa
Krönika 11 november 2024
Vetenskapens äng med plats för det oväntade riskerar att förvandlas till en produktionens havreåker. Helena Edberg skriver om projektifieringen av forskning.
Nyhet 23 oktober 2024
Data från appar används allt oftare i forskningen, särskilt inom medicin och hälsa. Det skapar nya möjligheter men väcker också frågor om personlig integritet, urval och vem som sk...
Nyhet 17 september 2024
Miljöarkeologen Philip Buckland förstod tidigt att hans intresse för programmering och databasbyggande kunde vara till nytta inom akademin. Han ser att öppen data driver forskninge...