Bibliotek med genetiskt material spar forskarnas tid

I Bostons universitetsområde, precis bredvid MIT, finns den snabbt växande organisationen Addgene. Många andra små bioteknikföretag och organisationer i området fokuserar på att skicka in patent och hoppas på att deras nästa upptäckt kommer att göra dem till miljonärer. Men Addgene har ett annat mål, de är inte vinstdrivande utan försöker bygga upp en infrastruktur för forskare.

Joanne Kamens leder arbetet på Addgene och visar runt bland labbänkar, frysar och de enorma högar med små provrör som de skickar iväg varje dag.

– Det är mycket fokus på öppen data och öppna publikationer. Men människor pratar inte så mycket om behovet av öppet material. Att ha enkel, snabb tillgång till kvalitetssäkrat material, säger hon.

Joanne Kamens berättar att hon just nu ser en stor förändring inom biologisk forskning och bioteknik, där fler och fler forskare aktivt arbetar för en mer öppen forskningskultur. Det gäller allt från att de får in fler donationer, till fler öppna tidskrifter och att allt fler resultat för-publiceras innan de går igenom peer-review.

– Jag tror att många forskare helt enkelt har fått nog av de stela strukturerna. Tänk på hur mycket tid vi sparar åt forskare. Jag tycker det borde vara ett krav från dem som finansierar forskning att materialet också ska göras tillgängligt.

Bibliotek för genetiskt material

Addgene kan enklast beskrivas som ett bibliotek för genetiskt material, i form av plasmider. Det är små ringformade bitar av DNA som bakterier använder för att lagra extra genetiskt material, som antibiotikaresistens eller förmågan att bryta ned en viss sockerart. Plasmider har blivit ett viktigt verktyg inom biotekniken, eftersom designade plasmider kan bära på vilka gener som helst, gener som antingen kan kopieras eller uttryckas i andra bakterier.

Företaget startades 2004 av biologen Melina Fan, som behövde få tag i gener för att göra experiment som byggde vidare på tidigare forskning. Hon kontaktade de labb som använt plasmiderna tidigare, och frågade om de kunde skicka dem till henne. Men i många fall fick hon inte ens några svar.

Tillsammans med sin bror och sin man bestämde hon sig för att bygga upp en struktur som skulle göra det enkelt för forskare att dela med sig och få tag i plasmider. Forskare och labb kan donera sina plasmider, och andra kan beställa dem för en liten avgift.

– I teorin så är ju praxis inom vetenskapen att dela med sig av resultat och material, och göra det möjligt för människor att upprepa försök. Men när man hör av sig till labb för att få tag i reagenser, som är billiga men som tar tid att göra, så kan man ändå inte få dem. Det är galet! Så det blev startpunkten, berättar Joanne Kamens.

Genombrott för Addgene

Crispr, den nya tekniken för genmodifiering, blev på många sätt ett genombrott för Addgene. Många av pionjärerna inom fältet valde att göra sina resultat, och plasmider, fritt tillgängliga för andra forskare via organisationen. Många forskare som har använt plasmider från Addgene väljer också att skicka in plasmider till deras bibliotek.

– Det har skapat ett kretslopp av öppenhet och innovation inom det här fältet, eftersom så många har valt att donera.

Enligt henne har tillgången till plasmider också varit en av anledningarna till att forskningsfältet kring Crispr-tekniken växt så fort.

Material för grundforskning

Plasmiderna som finns i Addgenes bibliotek är tillgängliga för alla forskare runt om i världen. Men de måste användas för grundforskning, inte till att utveckla läkemedel eller andra produkter. Bara en liten andel, ett par procent, får beställas av företag.

Alla som lämnar material till Addgene skriver under ett avtal om att plasmiderna kan skickas till alla andra forskare, och den som beställer material skriver under avtal att följa riktlinjerna. Att göra avtalen standardiserade, internationella och digitala har varit nyckeln till att organisationen ska fungera, och inte behöva lägga tusentals timmar på avtalsjuridik varje år, enligt Joanne Kamens.

– Ungefär 80 procent av alla våra plasmider har beställts i alla fall någon gång av någon forskare, och vissa av dem har beställs tusentals gånger.

Skickat iväg sin miljonte plasmid

Ungefär 4 000 labb runtom i världen skickar in plasmider till Addgene, och i september i år skickade de iväg sin miljonte plasmid. De flesta användare, och donatorer, finns i USA. Av de 60 000 plasmiderna som finns i biblioteket kommer drygt 600 från Sverige, och svenska forskare har beställt plasmider ungefär 7 000 gånger.

– Forskare kan beställa varifrån som helst, vi har haft beställningar från Irak, Saudiarabien, Venezuela under krisen, från alla möjliga ställen.

Den stora utmaningen för Addgene ligger i att fortsätta få in nya plasmider.

– Vetenskap förändras ständigt, och om vi inte har de nya, heta sakerna så kommer vi att dö, säger Joanne Kamens.

Läs mer: Organisationen Addgene Länk till annan webbplats, öppnas i nytt fönster.

Läs också i Curie: Nätverkande blev nyckeln till en karriär utanför akademin